La Comisión Especial Electoral (CEE) del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN) informó que la fórmula de Manuel «El Chino» Flores y Marleni Funes ha recibido el 62.2 % de los votos válidos con el 60 % de las mesas escrutadas y por tanto serían electos como secretario general y secretaria adjunta, respectivamente.
En un comunicado de prensa la CEE indicó que Simón Paz y Dina Argueta, también candidato a secretario general y secretaria adjunta, han logrado el 37.7 % de los votos válidos, con el 60 % de los votos escrutados.
La Comisión no se pronunció por irregularidades denunciadas por Cayetano Cruz y Gloria Anaya, quienes reclamaron la inscripción de personas sin requisitos, cambios de categorías de candidatos y la exclusión de la candidatura de Anaya para el Consejo Nacional del FMLN.
Fuentes del partido de izquierda aseveraron que Manuel «El Chino» Flores llevaba ventaja sobre Simón Paz en los departamentos de Chalatenango, Morazán, Usulután, Sonsonate, Ahuachapán, Cuscatlán, Santa Ana, La Unión, San Miguel y La Paz; en San Salvador Centro municipio, la ventaja era de Simón Paz sobre Flores, 103 sobre 73, en donde hubo 6 votos nulos.
Flores ha dicho que será una oposición «inteligente, no cobarde», sostiene que en El Salvador no se vive democracia pero asegura que no pueden ser un partido político dedicado a pelearse si aspiran a volver a gobernar el país. Flores es identificado como una persona cercana a José Luis Merino.
En las presidenciales del 4 de febrero de 2024, el FMLN perdió 185,122 votos, una caída de 47.5 %, pasando de 389,289 en 2019 hacia 204,167 votos en 2024. Flores tiene confianza en que el partido se recuperará dentro de tres años.
El FMLN no informó qué nivel de votación tuvieron en las elecciones internas de este domingo.